根据党的十七大、十七届二中全会关于深化行政管理体制改革的精神和《中共中央、国务院关于地方政府机构改革的意见》及《中共江苏省委、江苏省人民政府关于印发(江苏省市县政府机构改革的意见)的通知》，结合常州实际，市委、市政府提出了常州市人民政府机构改革方案。该方案于2009年12月31日经省委、省政府批准。
　　本次机构改革以转变政府职能为核心，按照精简统一效能的原则，进一步理顺职责关系，明确和强化责任，优化政府组织结构，规范机构设置，完善管理体制和运行机制，推进依法行政，提高行政效能，逐步做到权责一致、分工合理、决策科学、执行顺畅、监督有力，为常州率先基本实现现代化提供体制机制保障。
　　通过这次机构改革，市政府工作部门确定为40个。
　　新组建5个市政府工作部门
　　组建市经济和信息化委员会。
　　将市发展和改革委员会的信息化管理职责、市经济贸易委员会内贸管理以外的职责、市无线电管理处的相关职责，整合划入市经济和信息化委员会，挂市中小企业局牌子。不再保留市经济贸易委员会、市无线电管理处。不再保留市信息化办公室、市乡镇企业管理局牌子。江苏省无线电管理局常州市管理处为江苏省无线电管理局的派出机构，受江苏省无线电管理局和常州市人民政府双重领导，业务工作以江苏省无线电管理局管理为主，人事、财务、物资等以市政府管理为主，由市经济和信息化委员会代管。
　　组建市人力资源和社会保障局。
　　将市人事局的职责、市劳动和社会保障局的职责，整合划入市人力资源和社会保障局。不再保留市人事局、市劳动和社会保障局。与市人事局合署办公的市机构编制委员会办公室单独设置，列市委机构序列，既是市委的工作机构，又是市政府的工作机构。
　　组建市交通运输局。
　　将市交通局的职责、市港务管理局的职责、市建设局城市客运管理的职责，整合划入市交通运输局。不再保留市交通局、市港务管理局。
组建市农业委员会。
　　将市农林局的职责、市畜牧兽医局的职责，整合划入市农业委员会，挂市林业局、市农业资源开发局、市农业机械管理局牌子。不再保留市农林局、市畜牧兽医局。
　　组建市商务局。
　　将市经济贸易委员会的内贸管理职责、市对外贸易经济合作局的职责，整合划入市商务局，挂市口岸办公室牌子。不再保留市对外贸易经济合作局。不再保留市口岸管理办公室牌子。
　　更名4个市政府工作部门
　　市建设局更名为市城乡建设局，挂市建筑工程管理局牌子。不再保留市建筑工程局牌子。市地震局由市科学技术局代管调整为由市城乡建设局代管。
　　市房产管理局更名为市住房保障和房产管理局。
　　市人民防空办公室更名为市民防局，挂市人民防空办公室牌子。
市外事办公室更名为市政府外事办公室，挂市政府港澳事务办公室牌子。不再保留市港澳事务办公室牌子。
　　调整1个部门的管理体制
　　江苏省常州食品药品监督管理局由省以下垂直管理机构改为市政府工作部门，并更名为常州市食品药品监督管理局。
　　调整1个特设机构为市政府工作部门
　　市政府国有资产监督管理委员会由市政府直属特设机构调整为市政府工作部门。
　　其 他
　　将市政府金融工作办公室的职责、市应急管理办公室的职责，划入市政府办公室，挂市政府金融工作办公室、市应急管理办公室牌子。不再保留市政府金融工作办公室、市应急管理办公室。不再保留市企业上市工作办公室牌子。
　　将市城市管理监督指挥中心的职责，划入市城市管理局，挂市城市管理行政执法局、市城市管理监督指挥中心牌子。不再保留市城市管理监督指挥中心。
　　市环境保护局挂市太湖水污染防治办公室牌子。不再保留市太湖水污染防治委员会办公室牌子。